1871年9月清國與日本國簽署「清日修好條規」，這是清日兩國進入近代性國際關係的開始。而當年12月，硫球船員66名飄流登陸於台灣恒春八瑤灣，誤入山地遭排灣族牡丹社原住民殺戮，其中12人得到附近漢人救援。經過清朝官員護送，72年2月到達福建省福州硫球館，7月歸返硫球首都那霸。

為交涉修訂「清日修好條規」，來清中的日本外務大丞兼少弁務使柳原前光，看到『京報』記載閩浙總督上奏清朝的有關事件報告，就於72年5月轉報日本外務卿副島種臣說：「硫球人在清國領土台灣被殺害，為鹿兒島縣參考」，附送該報。7月柳原與英國上海領事會談時聽到：若是歐美國家就會即刻派遣軍艦追求責任要求償金，始使他覺得事態嚴重，8月回國後，日本外務省開始重視。

受難硫球人回那霸時鹿兒島縣官伊地知貞馨剛出差在當地有直接見聞，9月上東京面會外務卿副島報告事件，並提出鹿兒島縣參事大山綱良要借用軍艦以載軍隊派遣台灣問責的建言書。

從參事大山聽到事件的鹿兒島分營長陸軍少校樺山資紀也上東京，見故鄉前輩當時的軍、政界重鎮陸軍元帥兼參議西鄉隆盛，以及其胞弟陸軍少輔西鄉從道等，運動出師問罪。

14世紀時硫球中山王向明太祖入貢受冊封，以來硫球成為「華夷秩序」的一環。17世紀鹿兒島的薩摩藩征服硫球，將其置於附庸，即屬國地位，但薩摩藩貪圖硫球對中國的進貢貿易利益，所以保持不讓中國知道其征服，一直維持硫球對中國向來的關係。牡丹社事件遇難的硫球船，原來也是載朝貢物品渡航中國的。因為這種薩摩藩與硫球的特殊關係，所以該藩出身的上述那些人對牡丹社事件也就特別有關心。

72年10月明治天皇任命硫球國王尚泰為硫球藩王，與其他日本華族即貴族並列。原來在7月立法機關的左院才解釋：「硫球國王乃為硫球人類，不得與國內人類同一混淆」。所以這藩王的任命，可以說是為了要加強硫球人是日本人的說法而做的。10月駐日美國公使德隆（C. E. De Long）會見外務卿副島，對副島台灣原住民地區是否清朝管轄的質問，德隆回答：是清管轄，但其政令不通行，對人民也不能保護，即無有效統治之實，是「所取者的所有物」，並介紹剛從駐廈門美國領事下任的李仙得（C. W. Le Gendre）。1867年美國人飄流至原住民地區被殺害時，李仙得有曾經親自渡台與原住民首長交涉的經驗。與副島見面的李仙得甚至勸告日本合併台灣原住民地區為殖民地。72年12月日本雇用李仙得為外務省准二等出仕，由他擔任台灣出兵的顧問。

72年11月日本太政官命令陸軍少校樺山資紀至清國台灣視察，經由清國73年8月樺山從淡水登陸，調查台灣3個月，一度再到中國，74年3月再來台灣等候來征的日軍。這個台灣調查另有黑岡季備、福島九成、成富清風、兒玉利國、水野遵等人參與。

73年3月副島受任命為派遣清國交換「清日修好條規」批准書，以及謁見慶祝同治皇帝親政、成婚的特命全權大使，但是他自己也講：交換批准書、謁帝都是名，交涉牡丹社事件才是實。6月正當謁帝叩頭問題糾紛副島表明拒絕謁見回國時，差遣隨行的外務大丞柳原、外務少丞鄭永寧訪問總理衙門，質詢牡丹社事件，衙門大臣毛昶熙等回答：只聞「生蕃」掠殺硫球國民，未知貴國人有事；未服謂「生蕃」置之於化外；不得制「生蕃」橫暴，為我政教所不逮及也。柳原等回以若清方不處置，即日方自會處理，遂無共識而散。副島認為「化外」、「政教所不逮及」的發言，對此後日本的出兵有利。

明治維新以前日本的朝鮮交流是經由對馬藩一手進行，維新以後日本政府要直接與朝鮮交涉被拒，產生所謂「征韓論」。73年外務卿副島出使清國中的5月，日朝關係更惡化，日本內閣討論派遣使者，參議西鄉隆盛志願，8月閣議內定之。同月『太政官日誌』有：飄流至台灣南部的小田縣民船員4名，被原住民掠奪的記載。

10月閣議正式決定派遣西鄉使韓，但是該決定被太政大臣代理岩倉具視與參議大久保利通協力翻案，西鄉辭職，史上稱謂「明治6年政變」，此後大久保成為政權的中心人物。

為鎮定政局，岩倉、大久保政權推行出兵台灣，1974年2月閣議通過參議大久保、參議大隈重信聯名提出的「台灣蕃地處分要略」。要對「無主之地」的原住民地區，發動為硫球難民「報復」的軍事行動，這是日本進入近代國家以後的第一次海外武力行動，也是在近代侵略中國的開始。

4月陸軍大輔西鄉從道進昇為陸軍中將，被任命為台灣蕃地事務都督，將領軍出兵台灣。另任命參議大隈為台灣蕃地事務局長官，李仙得轉任該局准二等出仕，相當於副長官。

西鄉、大隈進駐長崎，集結遠征軍隊、船舶。聞訊英國公使巴克斯（H. S. Parkes）通知外務卿寺島宗則：若是清國視日本出兵為敵對行為，就要召還從事行動的英人、英船，各國也表明局外中立。新任美國公使賓含（J. A. Bingham）也通知寺島若清國無明文同意，要禁止美人、美船參加。遇了這些列強使節的質疑，日本政府轉為要先緊急照會清國意向，決定暫緩出兵。但是在長崎的西鄉都督4月27日命令被任命為廈門領事的陸軍少校福島九成，攜帶致閩浙總督李鶴年的出兵通知書至廈門，並指揮載兵的軍艦出發，自己卻等候大久保的來會。

來到長崎的大久保面會西鄉、大隈，追認出兵。日本政府公告：硫球藩、小田縣人民先後飄流至台灣「蕃地」受「生蕃」掠殺，為懲罰、以及確保將來的安全，出兵台灣。

到達台灣的日軍5月7日由琅喬灣登陸，按照李仙得的建議，13日以後得一部份漢人協力，撫恤「熟蕃」以孤立「生蕃」，並對「生蕃」地區頻做偵察，其中間有兩次衝突，日軍戰死1名。22日日軍攻擊石門，擊斃牡丹社頭目父子等，該日都督西鄉到達琅喬灣，從社寮登陸；清國第一次使節也出現於此。根據以後的幾次接觸，西鄉判斷：清方「無出兵拒我之色」。

25日「琅喬十八番社」中一部份的原住民頭目等也來會恒春北方網沙，貢獻黃牛、小豬以表投誠，西鄉回送日本國旗、日本刀、毛毯、棉布等以表撫恤。但是牡丹社、高士滑社等，仍然以游擊戰方式繼續攻擊日軍。根據長期從事台灣調查，並當時也隨軍的陸軍少校樺山的日記，28日附近漢人201人連名陳情：請求討伐牡丹社等「生蕃」。

其實在第二次渡台後的4月，樺山在彰化縣特地往訪反對清官苛稅造反的大墩庄廖阿富，但是拒絕廖所提欲拜其為反清盟主之請。至日軍登陸社寮以後，該人之叔廖仕強更來信，要請聯絡日軍以挾攻清軍。由以上可見在台灣現地，要觀察事件，須知清方有原住民、漢人、清官三種立場。

西鄉決定對「生蕃」地區發動總攻擊，6月1至5日動員約1300名分三方面進攻，突入石門口陷落牡丹社、高士滑社等，「琅喬十八番社」中11社投降。至此日軍總共戰死者12名、負傷者17名而已。西鄉派遣樺山返東京報告「討蕃」結束，要開始著手「移民拓殖」，但是風土疫病漸漸流行，至10月有「瘧疾大流行」，「不戰而全軍意氣喪失」的報告。日軍呈現全軍3658名，病死者561名的慘狀，西鄉陷入進退維谷的情況。

4月中，駐清英國公使衛多（T. F. Wade）根據駐日英國公使巴克斯來電，通報總理衙門日本出兵之事，稍後清國總稅務司赫特（R. Hart）也向總理衙門通報該事。5月3日到達廈門的日本駐廈門領事福島遞交上述西鄉致閩浙總督的出兵通知書給清國地方官員，這是日本給清國的第一次公開出兵通知。11日，清國總理衙門向日本外務省發出：台灣為清國領土，為何出兵事前「無議及」的抗議照會。接到出兵通知書的李鶴年也在同日向西鄉發出：硫球、台灣都是清國領土，日本出兵是違反「修好條規」，請速撤兵的回答。

6月清國皇帝下詔給李鶴年等：日本出兵違反「修好條規」，要求其即時撤兵，不從即明示其罪名討伐之。但是沿海各地防備關係者，除了台灣防備關係者以外，都回奏戰備不足無勝算。

同月英國公使巴克斯面會外務卿寺島而責備：送大兵於他國領土，在公告各國公使以前，「私自」出動非文盟國之舉，顯然違反萬國公法，送3000大軍於他國必然會釀成戰爭；若他國將3000軍隊登陸北海道，日本會如何？稍後大隈得到法國人法律顧問鈸索納得（G. E. Boissonade）的解釋：「蕃地」無主論或可以成立，但是清國可以自國安全保障為理由訴之武力介入該出兵，這是國際上被承認的，即指出日本出兵可能引起清日全面戰爭的危險性。

7月向政府對清戰備的質詢，日本將官中，陸軍卿山縣有朋、以及5少將都回答戰備不充分，薩摩藩出身的兩少將也回答戰備不充分，但說勉強可戰。

大久保憂慮遠征日軍進退維谷，國際輿論日非的事態，自請赴清交涉，8月I日被任命為派遣清國全權弁理大臣，9月到北京。與總理衙門談判中，大久保奪取領導權不談硫球人所屬，斷定：清國主張原住民地區為屬地，日本主張為無主野蠻之地，兩國主張只是有這一點差異而已。但會談四次都無結果，大久保表明束裝回國。駐清英國公使衛多嫌忌戰爭阻礙其貿易自願居中調停，大久保表示可以得償金撤兵，衛多加壓力於清國，使其同意支付償金。

10月31日清日兩國全權簽署「互換條款」、「互換憑單」，於是牡丹社事件解決。「條款」中清國承認：日本出兵為「保民義舉」；對難民或其遺族支付撫恤金；對「生蕃」設法不再使發生兇害。

巴克斯驚歎：「不能預想被侵略者會支付償金」。清方卻有：「能以50萬兩金額回避戰亂」，是外交技術的發揮。日方出兵直接經費約362萬圓、合算運送用船舶採購經費總共約771萬圓，只得回約77萬圓（50萬兩銀），並有多數人員死傷，但是在國際上得到明確合併硫球的依據。

清國自此認定日本為假想敵，尤其是「清日修好條約」清方負責人李鴻章認為被日本背叛，更是如此，從此努力建立北洋海陸軍。

事件中被任命為辦理台灣海防事務的船政大臣沈葆楨建議「開山撫番」。事件後清軍兵分三路：南從鳳山縣通到後山，即東台灣的卑南，並設恒春縣、卑南廳；北從蘇澳通到後山花蓮；中從林圮埔通到後山奉鄉，並設埔里社廳。漢人更進一步向原住民地區擴張。

    （1）中日國際關係＝列強、總理衙門、日本使臣
    （2）中國內政＝總理衙門、直隸總督北洋大臣、
         閩浙總督、船政大臣日本內政＝硫球、
         鹿兒島縣、陸軍、外務省、內閣
    （3）現地＝原住民、漢人、清官

    （1）台灣現地的所屬＝化外之地
    （2）硫球的所屬＝朝貢船（日方論點縮少為1）

九、紀念日的意義（與霧社事件比較）：

    （1）殺人←→起義＝倫理上意義
    （2）被攻反擊←→主動計劃攻擊＝主體性
    （3）投降←→自殺＝壯烈程度

十、牡丹社事件現地事蹟研究的重要性