「台灣獨立聯盟」加拿大本部的前身，早期是「台灣住民自決聯盟」，因為救援彭明敏1964年發表「台灣自救宣言」被捕，而改為「加拿大台灣人權委員會」。

　　早在1960年秋天，留學加拿大的台灣留學生，即直接或間接收到由日本出版的《台灣青年》月刊，並且開始研讀台灣人的歷史和探討台灣人的處境與出路，部分留學生也開始節省生活費和零用錢，定期支援《台灣青年》這份刊物。

　　 1963年初，由已在滑鐵廬大學擔任助教授的黃義明和留學生林哲夫等人寫信邀請加拿大各地的台灣留學生到奈亞加拉大瀑布觀光郊遊。回到多倫多吃晚飯時，有人提議成立台灣同鄉會。經過熱烈討論後，一致通過成立「加拿大台灣同鄉會」，並選出黃義明、鄭建駟兩位博士為第一任正、副會長。

　　 另一方面，早在1961年起，加拿大的數所大學校園內，即分別成立「台灣留學生會」，也舉辦過介紹台灣的歷史、音樂和文化的「台灣之夜」活動。

　　 經過各校園台灣學生會的串連和活動，不但提高了留學生的台灣意識，他們也開始聚集討論並逐漸關懷台灣人的命運與台灣前途問題。經過一段時間的研究後，他們決定不顧國民黨駐外機構和校園內國民黨籍學生的「小報告」，而於1964年春天成立「台灣住民自決聯盟」。每個月集會研討住民自決意義、法律基礎與權利，由黃義明出任第一任主席。

　　 1964年9月24日，台大教授彭明敏及其學生謝聰敏、魏廷朝三人，因發表「台灣人自救宣言」被捕。消息傳到海外，立即引起彭明敏母校加拿大•麥吉爾大學和旅加台灣留學生的關切與救援。

　　 「台灣住民自決聯盟」在獲知彭明敏等人被捕後，立即開會決議：（一）將自決聯盟正式改名為「加拿大台灣人權委員會」，（二）全面發動人權救援工作，尋求麥大校方與校友會，以及加拿大外交部、司法部、加拿大民權同盟、加拿大的媒體輿論的聲援；同時也爭取彭明敏留法的另一母校巴黎大學及其校友會、美國國務卿、聯合國人權總署、國際法理學家委員會（ＪＪＣ），以及成立不到四年的「國際特赦組織」（ＡＩ）等國際團體的關心與營救。

　　 1965年彭明敏案開庭宣判當天，「加拿大台灣人權委員會」的黃義明、林哲夫、蔡明憲、林耀山等人，前往渥太華中華民國駐加拿大大使館前示威抗議，並遞送抗議書，引來加拿大國家廣播電台（ＣＢＣ）和各英、法文報紙的大幅報導，其中ＣＢＣ不但以四十五分鐘的節目報導彭明敏案，訪問黃義明，更撥國際越洋電話訪問彭明敏，讓國民黨政府感受到彭案的強大國際人權關切與壓力。

　　 1970年台獨聯盟加拿大本部成立後，由林哲夫出任席，曾編印《自由台灣》雙月刊，後來擔任過本部主席的，在1970年代有蘇鐵英、1980年代則有吳明達、王金水、田台仁、吳風秋、蔡明憲等人。其中，台南市出身的吳明達是多倫多醫學院教授，他在擔任加拿大本部主席任內因癌症病逝，當時祇有四十二歲。

　　 當年中華人民共和國外交部長黃華，以及總理趙紫陽到加拿大渥太華訪問時，台獨聯盟加拿大本部先後發動大規模的示威遊行，抗議中國對台灣的野心，並且表達台灣人要求自決，爭取獨立的心聲。

　　 加拿大本部也在1983年起，在獲得加拿大多倫多聯合教會的支持，以及熱心的台灣同鄉出錢出力下，開始安排台灣島內的長老教會牧師及社會運動草根組織者，到多倫多接受社會運動的訓練課程，後來更將此社運草根訓練課程移回台灣，由林宗正、鄭國忠牧師等人，以台南縣善化的口埤教會為基地的「城鄉宣教組織訓練營」（ＵＲＭ），培養了台灣島內許多台獨運動、原住民、婦女、學生、環保運動的幹部及草根組織者。

　　 此外，台獨聯盟加拿大本部主席羅益世，在1989年以世台會總幹事身份與當時世台會會長李憲榮，為突破迫鄉里名單禁忌而回台參加高雄世台會年會而被捕入獄，經過海內外各方的奔走聲援才獲釋。